左会津川は果無山脈の槇山(まきやま、標高795m)に源を発して南西流。田辺市秋津町にて右会津川と合流し、田辺市上屋敷で田辺湾に注ぐ。右会津川は同じく果無山脈の裾にある虎が峯に発し、秋津川弥奇絶峡を流れ下り、左会津川と合流する。両会津川の間には高雄山がある。河口は田辺湾奥、扇ヶ浜のそばに開く。